科研可视化,R很强的,能用一行代码,绝不两行……


科研可视化,R很强的,能用一行代码,绝不两行……

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本期主角-ClusterHeatmap。
通过Rpheatmap实现简单ClusterHeatmap,非常简单,
上面这张ClusterHeatmap怎么读了?
ClusterHeatmap利用聚类算法对图中的行和列进行重新排序,将相似的数据点或变量聚集在一起,在行列边界区域添加了聚类的谱系图。通过ClusterHeatmap,既可以观察数据矩阵的分布情况,也可以分析聚类结果。
下图为一张典型的ClusterHeatmap,每部分的含义如图所示。
当然,上面这个默认设置丑陋无比,我们可以在上一节的基础上个性化图中数值、轴文本等,使其符合自己审美(迎合期刊、导师、审稿人的审美)。
从以下六个方面进行了个性化定制:
行列标准化
聚类算法
xy轴、图例文本
配色
图中文本属性
效果是明显的,
换成自己钟爱❤️的配色,
使用“1. 4.9gene数据集”,
用cor方法简单计算一下相关性。
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文章作者: ZejunCao
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